Después de perderme por un tiempo, encontré la forma de visualizar las aplicaciones java desde nuestro poderoso compiz fusión.

Lo que tenemos que hacer es lo siguiente:

1. Ingresamos a la carpeta /etc.
2. Editamos como sudo el fichero environment
3. Insertamos al final del archivo la siguiente linea
   

     AWT_TOOLKIT="MToolkit"

4. Guardamos el fichero
5. Reiniciamos nuestra cesión y ya tendría que ir funcionando.

Si les sale este error en Azureus:

ramirex@darkstar:~$ azureus
#
# An unexpected error has been detected by HotSpot Virtual Machine:
#
#  Internal Error (53484152454432554E54494D450E43505001A3), pid=10553, tid=3084510896
#
# Java VM: Java HotSpot(TM) Client VM (1.5.0_08-b03 mixed mode, sharing)
# An error report file with more information is saved as hs_err_pid10553.log
#
# If you would like to submit a bug report, please visit:
#   http://java.sun.com/webapps/bugreport/crash.jsp
#
Cancelado (core dumped)
 

y se te cierra el Azureus, tranquilo no entra en pánico lo que paso es que tu azureus, al igual que muchos programas usan la máquina virtual de Java y si tu tienes mas de una máquina virtual en tu maquina  y necesitas que estén por defecto, según el uso que tengas que darle, lo que tienes que haces es escribir desde consola:

ramirex@darkstar:~$ sudo update-alternatives --config java
Password:
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Hay 2 alternativas que suministran `java'.
  Seleccionar Alternativa
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          1    /usr/bin/gij-wrapper-4.1
*+        2    /usr/lib/jvm/java-1.5.0-sun/jre/bin/java

Presione intro para mantener la opción por defecto[*], o pulse número de selección:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 

para nuestro caso del azureus tiene que estar en la opción número 1 pero ustedes pueden ir cambiando, según sus necesidades.